Setiap tindakan medis yang dilakukan tetap memiliki risiko, namun apabila dilakukan oleh tenaga medis profesional kemungkinannya menjadi lebih kecil dibandingkan dengan bukan ahlinya. Termasuk tindakan aborsi ini.
Usia kandungan dilakukan aborsi sebaiknya di bawah 40 hari atau sekitar tujuh minggu. Karena lebih mudah dan risikonya lebih kecil. Aborsi menurut UU Kesehatan Pasal 15 harus dilakukan oleh ahli yang kompeten yaitu dokter Spesialis Obstetri & Ginekologi (SpOG) di sarana kesehatan yang ditunjuk pemerintah untuk mengurangi risiko komplikasi pada ibu.
Risiko aborsi untuk kehamilan normal di atas 12 minggu adalah lebih tinggi terutama risiko perdarahan, sisa jaringan, robekan rahim, luka organ sekitar seperti usus dan kandung kemih. Tindakan aborsinya bisa menggunakan obat dan atau dilatasi kuretase.
Risiko semua aborsi dari segi medis sama saja. Namun abortus kriminalis umumnya dilakukan sembunyi-sembunyi oleh tenaga yang tidak kompeten di tempat yang tdk memadai dengan metode-metode yang tidak sesuai dengan medis.
Akibatnya bisa terjadi komplikasi, infeksi, perdarahan banyak, rahim robek, usus dan kandung kemih rusak, bagian bayi tertinggal dalam rahim, syok, koma, bahkan kematian. Janin apabila gagal diaborsi dapat mengalami cacat fisik. Bisa juga efek jangka panjang seperti mandul, keguguran berulang, hamil luar kandungan, radang panggul, bahkan kehilangan rahim.